Trường THPT Vân Nội được thành lập từ tháng 9 năm 1965. Do cuộc chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ, Trường cấp II, III Đông Anh tách ra chuyển về xã Vân Nội - huyện Đông Anh - thành phố Hà Nội và được mang tên Trường cấp III Đông Anh B. Năm học 1971 - 1972, Trường cấp III Đông Anh B được đổi tên là Trường cấp III Vân Nội,nay là trường THPT Vân Nội. 

 Chặng đường phát triển của Trường THPT Vân Nội thật đáng tự hào. Cách đây 50 năm,trong lúc cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước ở vào giai đoạn ác liệt nhất,Trường Cấp II - III Đông Anh - tiền thân của THPT Vân Nội ra đời…Cái ác liệt của chiến tranh xiết bao khó khăn, thiếu thốn về cơ sở vật chất thời bao cấp những thách thức trong thời kì hội nhập - kinh tế “mở”…không thể làm giảm đi lòng yêu nghề của những người thầy, không thể ngăn được tinh thần hiếu học ở mảnh đất này. Ngọn lửa truyền thống được các thế hệ thầy và trò nhà trường lưu giữ, kế thừa, phát huy, tỏa sáng. Thầy tâm huyết với sự nghiệp trồng người, trò tích cực rèn đức luyện tài vì ngày mai lập nghiệp…nhằm tạo dựng môi trường giáo dục hiệu quả để mỗi học sinh có cơ hội phát triển năng lực, tư duy sáng tạo,khả năng thích ứng…

Trong số các học sinh, nhà giáo từng học tập, công tác ở trường, nhiều người đã trở thành các nhà khoa học, nhà giáo, nhà hoạt động chính trị, xã hội, nhà quản lý có đóng góp quan trọng cho dân, cho nước. Từ mái trường này, có 22.914 học sinh đã tốt nghiệp. Theo tiếng gọi bảo vệ Tổ quốc đã có hàng nghìn học sinh nhập ngũ, hàng trăm học sinh nhà trường là liệt sĩ. Theo thống kê chưa đầy đủ, nhà trường là chiếc nôi đào tạo 6500 bác sĩ, kĩ sư, nhà giáo, hàng trăm vị đã trởthành giáo sư, phó giáo sư, tiến sĩ; hơn 806 người trở thành giám đốc doanh nghiệp - Chủ tịch Hội đồng quản trị, 500 học sinh là cán bộ lãnh đạo trong hệ thống chính trị Nhà nước…Chất lượng giáo dục ngày càng ổn định và phát triển vớinhiều học sinh trong đội tuyển thi Quốc gia, đỗ thủ khoa các trường Đại học. Kếtquả thi THPT Quốc gia năm 2018: có 547/548 học sinh đỗ tốt nghiệp,  12/13 lớp đỗ tốt nghiệp 100%. Tính theo khối xét tuyển Đại học, có 471 em 3 môn đạt từ 14 điểm trở lên - 85,95%, 430 em đạt từ 15 điểm trở lên - 78,47%, có 221 em đạt từ 18 điểm trở lên - 40,33%,  143 em đạt từ 20 điểm trở lên - 26,09%, trong đó 11 em đạt từ 24 điểm trở lên và cao nhất là em Nguyễn Hữu Hiệp 12B đạt 27,45 điểm.

Trong kì thi Tuyển sinh vào lớp 10 năm học 2018 - 2019 có 167 em đạt điểm xét tuyển từ 50 điểm trở lên, đặc biệt có em Nguyễn Thị Thu Trà (THCS Nam Hồng) đạt điểm cao nhất huyện Đông Anh (57 điểm).

Thầy và trò nhà trường quyết tâm hoàn thành tốt nhiệm vụ năm học: phấn đấu tỉ lệ thi đỗ Tốt nghiệp là 98%, tỉ lệ lên lớp 96% trong đó có 65% học sinh Khá - Giỏi,xếp loại Hạnh kiểm Tốt - Khá 95% trở lên, không có HS vi phạm pháp luật…

Trường THPT Vân Nội nhiều năm liền được công nhận là trường tiên tiến, Công đoàn vững mạnh, Phong trào Đoàn thanh niên cộng sản Hồ Chí Minh luôn đạt tiên tiến xuất sắc.Với phương châm CHẤT LƯỢNG GIÁO DỤC LÀ DANH DỰ CỦA NHÀ TRƯỜNG, tập thể sư phạm luôn quyết tâm xây dựng THPT Vân Nội trở thành cơ sở giáo dục uy tín ở cửa ngõ phía bắc của Thủ đô!